Ich konnte das Ganze doch noch selbst lösen.
Hier mein Weg:
Zuerst einmal alle Container auflisten mit:
sudo k3s kubectl get pod -o wide --all-namespaces
Aus der Auflistung den richtigen Container raussuchen und dann:
sudo k3s kubectl exec -it NAME -n NAMESPACE – /bin/bash
NAME und NAMESPACE entsprechend anpassen wie es in der Auflistung steht
Jetzt ist man mit dem Container verbunden und man sollte sich schon bereits in /var/www/html befinden.
Jetzt nano installieren.
apt install nano
nun die .htaccess bearbeiten mit:
nano .htaccess
Am Ende dann
php_value upload_max_filesize 16G
php_value post_max_size 16G
php_value memory_limit 16G
hinzufügen und die Werte nach seinen Vorstellungen anpassen.
Den Nextcloud Container neustarten.
Sollte man schon Dateien haben, die diesen Fehler verursacht haben sollte man diese nochmal rauslöschen, erneuten Sync abwarten und diese dann erneut reinkopieren und wiederum den Sync abwarten (war zumindest bei mir so).
Ich hoffe es hilft jemanden